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FlexBuilder2のナビゲーターからflaファイルをダブルクリックするとFlashがクラッシュします。
対処法としては、FlexBuilderの設定で、ファイルタイプの関連付けを追加して、
*.flaのデフォルトエディタにflash.exeを指定します。

Flash crashes when you attempt to open a .fla file from Flex Builder 2.0.1

ナビゲーターのflaファイルのアイコンがFlアイコンからただのテキストファイルのアイコンになってしまうのが玉に瑕。

ちなみにFlex Builder3 beta2ではクラッシュはしませんが、FlexBuilder内で無理矢理flaファイルを開こうとするので、FlexBuilderからflaファイルを開くにはやはり上記の対処が必要なようです。